פטנטים נועדו במקור לעזור לאנשים להרוויח כסף מהיצירתיות שלהם, הרעיון הוא מעין הסכם בין בעל הרעיון לבין המדינה, שבעל הרעיון מצידו חושף את הרעיון שלו לרשות ממשלתית שהיא בתורה תאסור על מישהו אחר לעשות משהו דומה למשך מספר שנים, כך בעל הפטנט נהנה מיתרון שיווקי של היותו ראשון בשוק ויחידי בשוק למשך תקופת זמן לא קצרה. על פניו רעיון חיובי שנראה שיכול רק לעזור ליצירתיות.
אותם אנשים המחזיקים בתפיסה השגויה שתוכנה היא מוצר ככל מוצר, חושבים מן הסתם שאפשר ורצוי לאפשר פטנטים על תוכנה.
אולם תוכנה, אינה מוצר רגיל ולכן פטנטים על תוכנה עושים בעצם את ההיפך הגמור ממטרתם המקורית.
תוכנה היא בעצם ידע, נוסחאות וכד', פטנט על נוסחה נראה די מגוחך, הרי זה כמו שמישהו יוציא פטנט על הנוסחא לפתרון משוואה ריבועית, מה שבעצם יעצור חלק נרחב מהמתימטיקה.
תוכנה הינה תחום מאד מאד מורכב שמתקדם בקצב מהיר ביותר, אם כל מפתח יצטרך לפני שהוא מתחיל לכתוב, לבדוק האם מישהו איפשהו בעולם (במדינות בהם הוא מתכוון להפיץ את התוכנה) רשם פטנט על חלק זה או אחר של התוכנה, הוא לא יכתוב דבר, הוא יעסוק מרבית הזמן בלחפש האם הוא מפר פטנט זה או אחר, מה שיגרום לו להפסד כספי רב ולנו הצרכנים להפסד של תוכנה טובה.
מעבר לזה, פטנטים בתוכנה יוצרים פחד, פחד של יוצר התוכנה או משווק התוכנה מפני הפרת פטנטים. פחד זה ללא ספק מפריע להתקדמות עולם התוכנה.
פטנטים מנוסחים בצורה כללית ביותר, מה שמקל על תביעות להפרת הפטנט ומעצים את הבעיות שתוארו בשני הסעיפים הקודמים. יוצא מכך שלפעמים בעל הפטנט יכול לתבוע על הפרת פטנט גם אם תוכנה כלשהי מישמת משהו מאד דומה לפטנט שלו שהוא כלל לא חשב עליו.
כאשר תוכנה נכתבת יש ליוצר התוכנה זכויות יוצרים, כן גם בתוכנה חופשית יש זכויות יוצרים. אולם אם תוכנה כלשהיא משתמשת בפטנט, הפטנט חזק יותר מזכויות היוצרים ולבעל הפטנט יש זכויות לדרוש ממנו או מהמשתמשים כל מני דרישות.
תביעות בנושא פטנטים עולות כסף רב שרק חברות גדולות יכולות להוציא, כך שגם אם יש לך פטנט על תוכנה ומישהו לדעתך הפר את הפטנט, על מנת לקבל ממנו כסף תצטרך לתבוע אותו כי רק בית המשפט רשאי להחליט האם באמת יש כאן הפרת פטנט. מיותר לציין שהליך משפטי גם אם הוא הקטן ביותר לוקח זמן רב וכסף רב.
כל אלו הם רק חלק קטן מהסיבות מדוע פטנטים בתוכנה מזיקים.
מכאן אנו למדים שעל מנת לשמור על התפתחות עולם התוכנה יש לעצור את נושא הפטנטים בתוכנה ויפה שעה אחת קודם.